Vyšetrenie umožňuje stanoviť protilátkové aktivity proti jednotlivým antigénom Borrelia garinii v sére a likvore. Vyšetrenie je špecifickejšie ako ELISA a slúži ako konfirmačné vyšetrenie ku kontrole špecifity pozitívnych a hraničných reakcií. V ranných štádiách sa doporučuje paralelné prevedenie ELISA testu a westernblotu, pretože niektoré slabé reakcie bývajú týmto testom detegované skôr ako pomocou screeningových testov. Vo vzťahu k vyšetreniu boréliových protilátok westernblotom je konečná interpretácia akéhokoľvek pozitívneho výsledku ELISA testu s potvrdením pozitivity imunoblotom pozitívny výsledok.
V prípade pozitívneho testu ELISA, ktorý sa imunoblotom nepotvrdí, je konečný výsledok negatívny. Vo včasnej fáze ochorenia sú IgM protilátky proti antigénom Borrelia garinii sérologicky detegovateľné asi u 50 % pacientov. Typický pre túto fázu je nález IgM protilátok proti antigénu Osp C. Reaktivita s antigénom p 41 (flagelin) môže znamenať iniciálnu imunitnú odpoveď. Ak však iba línia pre tento antigén reaguje pozitívne, je potrebné test zopakovať s novou vzorkou odobranou neskôr. IgM protilátky môžu pretrvávať v sére dlhodobo, čo však nemusí byť prejavom akútneho ochorenia. Je taktiež potrebné vylúčiť iné infekčné ochorenia napr. infekčnú mononukleózu, herpetické virusové infekcie a mnohé autoimúnne ochorenia.
