Bordetella pertussis je pôvodcom akútneho respiračného ochorenia čierny kašeľ (pertussis). B. pertussis produkuje toxíny, z ktorých hlavnú úlohu má pertusový toxín. Ochorenie sa prejavuje typickým záchvatovitým kašľom trvajúcim až 6 týždňov s dlhodobou rekonvalescenciou. Priebeh ochorenia je možné rozdeliť do troch štádií. V prvom katarálnom štádiu, trvajúcom jeden až dva týždne, sa prejavy zhodujú s prejavmi iných infekcií horných dýchacích ciest.
Býva prítomná serózna sekrécia z nosovej dutiny, nehnisavá konjunktivitída, občasný kašeľ a subfebrílie. Druhé paroxyzmálne štádium je sprevádzané náhlymi záchvatmi nekontrolovateľného kašľa, ktoré niekedy trvajú aj niekoľko minút. Paroxyzmálne štádium môže trvať jeden až šesť týždňov. V tomto období môže dôjsť k úmrtiam následkom udusenia alebo apnoe. Tretie štádium rekonvalescencie je charakteristické chronickým niekoľko týždňov trvajúcim kašľom.
U starších detí a u dospelých máva pertussis atypický priebeh. Katarálne štádium nebýva tak výrazné, charakteristickým sú opakujúce sa záchvaty kašľa, často trvajúce dlhšie ako tri týždne. Pertussis je potrebné v rámci diferenciálnej diagnostiky odlíšiť od iných respiračných ochorení sprevádzaných kašľom. Bordetella parapertussis je pôvodca parapertussis (syndróm dávivého kašľa). Ochorenie je podobné pertussis, rozdiel je predovšetkým v dĺžke trvania kašľa, ktorá je u parapertussis 31 ± 18 dní, zatiaľ čo u pertussis je to 23 ± 11 dní.
