Parietálne bunky (APCA) žalúdočnej sliznice produkujú kyselinu chlorovodíkovú a vnútorný faktor. Ako cieľový antigén autoprotilátok APCA bola identifikovaná H+/K+-ATPáza, ktorá sa podieľa na produkcii kyseliny chlorovodíkovej. Vnútorný faktor (IF) je glykoproteín, ktorý sa viaže na vitamín B12 a bráni jeho predčasnému rozkladu v črevách predtým, ako sa absorbuje v distálnom ileu. Perniciózna anémia je charakteristická deficitom vitamínu B12 sprevádzaná symptómami hyperchromnej anémie.
Typická je prítomnosť megaloblastov v kostnej dreni a megalocytov v krvi, čo sa dá napraviť liečbou pomocou vitamínu B12 (externý faktor). V prípade chronickej atrofickej gastritídy dochádza k infiltrácii žalúdočnej sliznice lymfocytmi, plazmatickými bunkami a granulocytmi. Epitelové bunky nekrotizujú, peptidické a parietálne bunky sú nahradené mukoidnými bunkami. Posledné štádium je atrofia, ktorá sa vyvinie po veľa rokoch.
Chronická atrofická gastritída vedie k obmedzeniu tvorby pepsínu, kyseliny chlorovodíkovej a vnútorného faktoru. Na tento stav reagujú G-bunky proliferáciou a vylučujú zvýšené množstvo gastrínu. Perniciózna anémia často vzniká po niekoľkoročnom ochorení chronickou atrofickou gastritídou v dôsledku ukladania vitamínu B12. Autoprotilátky proti APCA sú často dokázané u pacientov postihnutých chronickou atrofickou gastritídou a pernicióznou anémiou, ale aj u pacientov s endokrinopatiami a aj u zdravých osôb. Diagnostická senzitivita u pernicióznej anémie je veľmi vysoká 80 % až 90 %, špecificita je obmedzená v dôsledku veľkého počtu asociovaných ochorení.
Chronickú atrofickú gastritídu môžeme endoskopicky dokázať u všetkých pacientov s protilátkami proti APCA, prevalencia dosahuje takmer 100 %. Existujú dva rôzne typy autoprotilátok proti vnútornému faktoru. Protilátky 1. typu reagujú s väzobnými miestami vnútorného faktoru, zatiaľ čo protilátky 2. typu sa viažu na komplex vnútorného faktoru a vitamínu B12. Všeobecne sa však objavujú spoločne s protilátkami 1. typu a preto majú diagnostický len malý význam.
Pri stanovení sa dokazuje prítomnosť protilátok proti vnútornému faktoru 1. typu. Napriek tomu, že prevalencia protilátok proti APCA v priebehu ochorenia pernicióznej anémie klesajú u väčšiny pacientov začnú vznikať protilátky proti IF až omnoho neskôr. Autoprotilátky proti IF je možné dokonca stanoviť aj v niektorých prípadoch chronickej atrofickej gastritídy (typ fundus) bez klinických známok súbežnej pernicióznej anémie. Pravdepodobnosť, že sa u takýchto pacientov časom vyvinie perniciózna anémie je veľmi vysoká.
